[[Antibiotika]] brukes for å behandle infeksjoner med sykdomsgivende bakterier. En utilsiktet effekt med antibiotikabehandling er at normalfloraen også rammes av slike antibiotikakurer. Det er derfor vanlig å få litt løs mage og annet mageubehag i forbindelse med antibiotikakurer. Man kan også få overvekst av bakterier som normalt ikke forekommer i tarmen (for eksempel såkalt [[klostridium]]). Man kan også bli mer disponibel for soppinfeksjon etter antibiotikabehandling, for eksempel kan man få [[trøske]] (sopp i munnhulen) eller [[candida]]-infeksjon i underlivet. Disse såkalte [[sekundære infeksjoner|sekundære infeksjonene]] er som regel beskjedne og lar seg i sin tur enkelt behandle (for eksempel med et soppmiddel), men kan i blant også være livstruende (for eksempel klostridium). Det er derfor viktig å ha et rasjonelt forhold til antibiotikabruk, slik at det anvendes når det er hensiktsmessig og nødvendig, og ikke i tide og utide.